De meeste door Pierre Cuypers ontworpen kerken zijn in steen overwelfd. De Laurentius heeft echter alleen stenen gewelven over het koor en alle zijbeuken; de hoge middenbeuken van schip en transept kregen eik een houten tongewelf. Cuypers heeft voor deze overwelving in hout gekozen, omdat ook de hoge beuken van de Grote of Sint- Laurenskerk, waar de katholieken vóór de Reformatie hun diensten hielden, in hout waren overwelfd. Overigens zijn er, in vorm en detaillering, wel duidelijke verschillen tussen beide. Door de toepassing van hout in het schip kon gekozen worden voor een andere constructie; hier zijn geen luchtbogen ter ondersteuning van het gewelf in tegenstelling tot de absis.